Très rapidement, l'affaire Courjault prend une tournure des plus surprenantes. Après les tests coréens, que conteste immédiatement le couple, des tests français viennent confirmer à la plus grande surprise de tout le monde que Jean-Louis et Véronique Courjault sont bien le père et la mère de ces nouveaux-nés.
En octobre 2006, la mère finit par avouer être effectivement à l'origine de toute l'affaire Courjault, dont les médias s'emparent sans relâche. Elle déclare avoir agi seule et avoir mis au monde non pas deux, mais trois bébés à l'insu de son mari. Les enquêteurs de la police judiciaire multiplient alors les investigations, afin de vérifier si Véronique Courjault, comme elle l'affirme, a pu dissimuler trois grossesses et commettre, en 1999, 2002 et 2003, trois infanticides sans que personne, dans son entourage, ne s'en aperçoive, pas même son mari.
Durant sa garde à vue, la mère avoue donc avoir tué, dès l'arrivée de chaque bébé, deux nouveaux-nés aussi inattendus l'un que l'autre, en 2002 et en 2003, alors que le couple séjournait en Corée du Sud. Elle avoue ensuite un troisième infanticide commis en 1999, celui d'un bébé né en France, dont elle aurait brûlé le corps. Elle est alors mise en examen pour assassinat par un juge d'instruction de Tours. L'affaire Courjault devient l'affaire d'un déni de grossesse.